Vá para o diretório /home/user/.local/share/applications/
, onde você tem configurações mime personalizadas de usuários. Um ou mais arquivos serão chamados userapp- SOMETHING .desktop apenas apague aquele que causa problemas - você pode examinar qual deles você precisa deletar abrindo-os com o gedit.
Talvez seja necessário fazer login novamente para que as alterações sejam implementadas, mas não acredito.