eu acho
flub = raw_input('Where would you like your save directory to be?')
print flub
Obtém sua variável, passa isso para sua GUI.
A menos que você o altere mais tarde no programa, ele permanecerá até ser reiniciado / reativado. Para armazenar esse valor permanentemente, você precisaria escrevê-lo em algum lugar, digamos, um arquivo de texto ou configurar seu programa para definir uma verificação falsa verdadeira, caso essa variável já tenha sido definida.