TLDR: Não tanto assim.
Essencialmente, desde que você tenha as estruturas apropriadas (o Gnome e o Unity são baseados no GTK), os aplicativos continuarão funcionando exatamente como planejados. Suponho que as lentes de unidade e algumas outras coisas pode não funcionar mais até que os bits de traço que o fazem funcionar sejam portados.
As pessoas oficialmente não executam a unidade como desktop por mais tempo do que o Ubuntu (que começou como uma distribuição baseada em gnomos). Significa simplesmente que o Ubuntu estará mais alinhado na área de trabalho com o debian, o que é positivo na maioria dos casos.
A menos que você esteja programando especificamente para o Unity, isso significa absolutamente nada. Aplicações do lado do servidor ou não gráficas permanecerão inteiramente as mesmas, por exemplo.
O Linux possui dezenas e dezenas de ambientes de desktop, e a alternância entre eles normalmente tem sido indolor. Adequadamente esfolado (e o Ubuntu é bom nisso) e presumivelmente com alguns pequenos pedaços de software para agir como cola para os recursos que o Gnome Shell não possui, você provavelmente não notará a diferença.