Você não deve ter muito medo de remover pacotes. Afinal (se o apt ainda estiver funcionando, você ainda tem uma conexão com a internet e algumas outras condições), você pode sempre reinstalar o que for acidentalmente removido
Para obter uma lista de grandes pacotes instalados, você pode querer usar o wajig: basta instalá-lo e depois rodar
wajig large
(docs para wajig podem ser encontrados no link )