Dependendo do que você deseja realizar, pode haver maneiras diferentes de fazer isso funcionar (ou pelo menos dar uma aparência hacky da funcionalidade desejada).
A instalação de software de várias maneiras se resume a disponibilizar recursos ou permitir acesso a coisas que já estão presentes no sistema.
Se você está falando sobre conceder acesso a impressoras, ou permitir que um usuário execute programas em um determinado diretório, existem maneiras de fazer isso, e embora eles possam ser nativos do Ubuntu, esses tipos de soluções são geralmente ) será adicionado após o fato de uma instalação .deb.
Aqui estão duas classes gerais de controle de pós-instalação que podem ser adicionadas. Note que, dado o ambiente certo, por exemplo quando uma política de grupo rigidamente controlada estiver em vigor, isso pode ser mais fácil quando você tiver o sistema básico em vigor. Esse tipo de permissão pode até mesmo ser vinculado ao LDAP ou a um sistema semelhante que pode fornecer autenticação e autorização por usuário ou grupo.
Controle de visibilidade
Eu tive uma situação talvez um pouco semelhante, mas no meu caso, os usuários não eram (ainda) muito sofisticados (todos com menos de 7 anos de idade). Para mim, apenas esconder os menus do Gnome e remover os lançadores de desktop funcionou.
Remover o bit executável dos diretórios elimina a capacidade dos processos de pesquisá-los ou percorrê-los. Ele pode efetivamente torná-las invisíveis e, ao usuário, torná-las indisponíveis. Se você tiver uma diretiva de sistema padrão que crie menus com base no acesso a arquivos, por exemplo, você pode obter esse tipo de solução cosmética e, em seguida, fazer com que ela funcione para instalações subseqüentes com pouco esforço adicional.
Controle de execução
O controle do recurso pode ser feito por meio de permissões do Unix, perfis do apparmor, permissões do SELinux e assim por diante. Pode haver outros níveis de filtragem de controle que podem entrar em jogo dependendo da aplicação. Na ausência de soluções mais direcionadas, talvez seja necessário escrever wrappers em torno de determinados programas para controlar o acesso do usuário ou do processo.