O GParted é um ótimo programa para criar, redimensionar e excluir partições. Você não pode editar a partição em que seu sistema está rodando, então é melhor executá-lo a partir de um live cd ou usb.
Você não pode realmente mesclar partições, mas pode copiar todos os dados do primeiro para o segundo, excluir o primeiro e depois expandir o segundo para preencher o disco.
O Windows e o Ubuntu precisam estar em partições separadas e têm sistemas de arquivos diferentes, o Ubuntu usa ext4, enquanto o Windows usa NTFS, o Ubuntu pode ler os dois, mas o Windows só pode ler NTFS.