O botão do meio do mouse é mapeado para colar a seleção X atual, que normalmente é o texto selecionado. Isso acontece porque nos primórdios do gui houve discordância sobre como copiar / colar deveria funcionar. Alguns queriam que houvesse um comando explícito para mover algo para o buffer de cópia, outros queriam que o que fosse selecionado fosse movido para lá automaticamente. Os criadores do X11 (quando estes desacordos ainda estavam strongs nos anos 80) decidiram implementar ambos e fazer ambos os lados felizes, colocando mouse-3 para colar a seleção atual e ctrl-c / ctrl-v para copiar e colar mais comumente encontrado hoje.
Quanto a como pará-lo, a infeliz verdade é que você não pode ficar sem remendar o X ou desativar o botão do meio do mouse (o que pode ser feito executando
xmodmap -e "pointer = 1 25 3 4 5 6 7 8 9"
ou colocando a linha pointer = 1 25 3 4 5 6 7 8 9
no seu arquivo ~/.xmodmap
).
Meu conselho seria ficar de fora. A funcionalidade de cópia de seleção X é realmente bastante útil em muitos lugares e é uma daquelas coisas que você rapidamente usa.