Seu script deve ser algo assim:
wget --mirror http://updates.etersoft.ru/pub/Etersoft/ --level=1 --reject=index.html -nH -np
for i in $(ls pub/Etersoft); do
wget -r -A .deb http://updates.etersoft.ru/pub/Etersoft/$i/last/x86_64/Ubuntu/12.04/ --reject=index.html
done
Primeiro eu espelhei todos os diretórios dentro do Etersoft / e então fiz um loop para obter arquivos .deb
Nota: neste site específico, nem todos os diretórios possuem a mesma hierarquia e estrutura. modifique o script de acordo com suas necessidades. Eu só dei a ideia.