Você pode desativar as atualizações automáticas da GUI com:
(clique) no ícone Gear no canto superior direito da tela - > System Settings - > Software Updates - > (clique na guia) Software - > (selecione) Never (para verificar automaticamente se há atualizações). - >
Você também pode clicar na guia Other Software e ativar ou desativar qualquer um dos seus ppa colocando ou removendo marcas de seleção.
Quando você decidir que deseja uma atualização de um deles, basta colocar a marca de seleção de volta.