Seria difícil dizer com precisão o que deve ter acontecido, mas posso dar algumas sugestões:
- Aguarde mais algum tempo. Pode ser possível que algum processo de instalação esteja sendo executado em segundo plano.
- Pode haver um problema com o GRUB. Nesse caso, você terá que fazer uma nova instalação. Pode haver a possibilidade de que suas janelas tenham sido irreparavelmente danificadas e talvez você tenha que fazer uma nova instalação do Windows.
A melhor coisa que eu gostaria de sugerir para você é usar uma máquina virtual como o VMWare dentro do Windows. Isso dá a você o benefício adicional de usar o Linux (em uma máquina virtual) junto com o Windows como seu sistema operacional principal.