Claro. Apenas execute o Apache como root. Ou talvez seu root crontab execute um arquivo editável por www-data. Ou adicione www-data a sudoers sem senha.
Realmente, não importa como você faça isso, é apenas uma idéia muito ruim. Existem todos os tipos de precauções embutidas no sistema operacional para evitar que você faça exatamente o que está dizendo, pois remove completamente toda a separação fornecida pelo SO.
Se www-data puder editar o crontab do root, qualquer aplicativo da web poderá executar qualquer comando como root. Ponto final. O grau em que isso é uma má ideia é tão grave quanto parece.
Não faça isso.