Em vez disso, responda diretamente a sua pergunta. Acho que vou apenas apontar que isso é provavelmente uma má ideia.
Se você estiver convertendo entre codecs diferentes, isso envolverá não apenas uma deterioração na qualidade, mas também um espaço em disco potencialmente desperdiçado, já que cada codec tem suas próprias características em uma determinada taxa de bits. Ou seja, é possível transcodificar do formato A para B e ter um tamanho de arquivo maior, mas com qualidade visual reduzida. A transcodificação entre dois algoritmos diferentes de compressão com perdas nunca melhorará a qualidade da imagem, nem reterá a mesma qualidade de imagem, apenas degradando-a em graus variados. Portanto, não faz sentido fazer essa transcodificação entre os formatos, a menos que os benefícios superem essa degradação de qualidade.
Eu aconselho manter os vídeos em seu formato original e apenas convertê-los quando houver benefícios significativos, como:
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Quando os vídeos estão com uma taxa de bits muito alta e você não pode arcar com o espaço em disco; você deseja usar uma taxa de bits significativamente menor - nesse caso, você não se importa com a redução da qualidade.
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Quando os vídeos estão em um formato que não é compatível com computadores ou dispositivos de sua propriedade ou que estão em um formato "inativo", é provável que ninguém mais use - nesse caso, a redução na qualidade é inevitável para os vídeos para permanecer compatível.
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Quando você está enviando para um destino específico, como criar um disco de DVD - nesse caso, a redução na qualidade é novamente inevitável.
Em todos os outros casos, por que não reter os vídeos no formato original?