O uso da WUBI não é recomendado e é recomendável que você instale usando o CD.
se você instalou o ubuntu em um disco rígido externo, provavelmente precisará entrar no BIOS e tornar o drive externo o primeiro na ordem de inicialização ou selecionar o menu de inicialização durante a inicialização e selecionar o disco rígido a partir dele
ele não será inicializado porque o carregador de inicialização (grub) provavelmente está instalado no disco rígido em vez do disco rígido principal, portanto, não está sendo executado quando você inicializa. Escolher o disco rígido externo como uma opção de boot ou defini-lo primeiro na lista de bootloaders no BIOS corrigirá este problema.