Se você atualizar através do gerenciador de atualização, todos os seus arquivos e programas atualmente instalados serão preservados. Eles serão, no entanto, atualizados para suas versões mais recentes.
Além disso, ele normalmente perguntará se, no final, você deseja remover pacotes antigos e obsoletos que não são mais mantidos. Eu costumo responder sim, mas você pode responder não, se você realmente quiser mantê-los.