A mensagem sobre o kernel usando a tabela antiga aparece porque você está tentando modificar partições em um disco que está sendo usado pelo sistema. Inicialize a partir de um LiveCD e faça as alterações desejadas em seu disco ou, como disse Rinzwind, faça uma instalação limpa.
Se este disco não for o disco do seu sistema, você também poderá desmontá-lo antes de começar a fazer esse tipo de alteração.
Se for, reinicialize conforme instruído por fdisk para as alterações a serem usadas.