Você pode consertar isso mudando onde gconf armazena seus dados de configuração para cada distro.
O arquivo de configuração está em /etc/gconf/2/path
em cada distro. Então você vai querer editar este arquivo uma vez em sua partição fedora, e uma vez em sua partição ubuntu. A opção de configuração que você deseja está nesta linha:
# The default storage location, ~/.gconf # This should be the only readwrite source xml:readwrite:$(HOME)/.gconf
Você pode alterá-lo para algo como xml:readwrite:$(HOME)/.gconf_ubuntu
para o Ubuntu, ou adicionar _fc
para o fedora, ou o que você quiser. Desta forma, o ubuntu armazena suas configurações em um local separado do fedora, para que elas não colidam umas com as outras. Aplicativos que não usam gconf (firefox, etc.) ainda compartilharão configuração.
Você também pode alterar algumas das outras "incluir" na seção Preferências do usuário e renomeá-las dependendo da distro que estiver usando.
Usamos isso para residências NFS compartilhadas no trabalho e parece funcionar muito bem.