Problema:
O /etc/apache2/apache2.conf foi redefinido e, portanto, o diretório listado foi redefinido para /var/www , o que é incompatível com o diretório listado no arquivo /etc/apache2/sites-available/default.conf que não foi redefinido.
Solução:
Para acessar o phpmyadmin, adicione a seguinte linha ao final do apache2.conf (conforme detalhado no doc )
Include /etc/phpmyadmin/apache.conf
Para acessar outros arquivos localhost, o que funcionou para o meu foi alterar as referências em meus arquivos default.conf de volta para /var/www/ do apache2 e criar um link simbólico entre o arquivo padrão desejado e /var/www/
sudo ln -s /DEFAULT_DIRECTORY/ /var/