Eu fiz esta mesma pergunta ao desenvolvedor do Plugin do Ubuntu One Music Store Rhthmbox quando ele estava em desenvolvimento. Sua resposta foi que a música está em uma pasta separada, porque se você sincronizar toda a coleção ~ / Music você (provavelmente) ficará sem espaço no seu espaço livre de 2GB. Então, apenas a sua música comprada é (por padrão) sincronizada.
Naquela época, não era possível sincronizar pastas aleatórias com a maior facilidade possível, por isso fazia sentido manter as músicas compradas separadas da pasta de músicas em massa.
Ele também respondeu "Quero ver os arquivos" com "por quê?". O Rhythmbox é capaz de mostrar seus arquivos de música, reproduzi-los e até carregá-los no seu music player. Qual é a vantagem de poder ver os arquivos em um gerenciador de arquivos?
Eu pessoalmente vejo seus pontos. Por meio de uma comparação, no meu Mac OSX wifes há Música no iTunes e não tenho idéia de onde está no sistema de arquivos, e francamente eu não me importo :) É feito backup, e no iTunes eu posso arrastá-lo para um dispositivo de jogador, se eu quiser.
Acho que o mesmo acontece com o Rhythmbox. Eu aprendi a não me importar :)