Ambos fazem o mesmo quando você remove um pacote, então eles são igualmente bons e depende de você qual você prefere. O Synaptic fornece funcionalidade avançada, mas você não precisa disso para simplesmente desinstalar o software.
Sou muito novo e instalei acidentalmente 6 editores de texto através do Gerenciador de Pacotes Synaptic e um do Ubuntu Software Center. Eu sei que posso "remover" o software de edição de texto com um clique no Ubuntu Software Center. É a melhor maneira de removê-los ou seria melhor removê-los através do Manipulador de Pacotes Synaptic ou talvez haja uma maneira ainda melhor?
Ambos fazem o mesmo quando você remove um pacote, então eles são igualmente bons e depende de você qual você prefere. O Synaptic fornece funcionalidade avançada, mas você não precisa disso para simplesmente desinstalar o software.