É perfeitamente normal que locate ainda encontre um arquivo após ele ter sido excluído, pois locate usa um banco de dados para realizar sua pesquisa. (e é por isso que é muito mais rápido que find ).
Um exemplo:
Vá para um terminal pressionando Ctrl + Alt + T e digite o seguinte comando:
touch errakesh123.txt
Agora, faça um ls . Existe agora um arquivo chamado errakesh123.txt não é? Agora faça:
locate errakesh123.txt
E você verá que o arquivo não está lá! : - (
Agora digite:
sudo updatedb
Agora, novamente:
locate errakesh123.txt
Está aí! (como o sudo updatedb atualizou o local do banco de dados)
A mesma coisa aconteceu com o arquivo swp.