De acordo com os fóruns de TC, você deve descriptografar o sistema, instalar ambos os sistemas operacionais para que o dual-boot esteja funcionando e criptografar o sistema usando a opção "dual boot" no TC. Veja aqui .
Atualmente, eu tenho o Windows 7 com o boot duplo e o Ubuntu 12. Durante a instalação do Ubuntu, optei por criptografar minha pasta pessoal. Eu simplesmente não gosto do fato de que não posso colocar meu computador para dormir ou hibernar. Eu decidi que poderia tentar outra coisa.
Agora eu não tenho muita experiência com gerenciadores de boot, mas eu estava pensando em usar o TrueCrypt para criptografar as duas partições criptografando Windows, em seguida, instalar o Ubuntu em uma partição pré-criptografada. Não tenho certeza se isso funcionará muito bem. Quais ferramentas devo usar para criptografar e inicializar duplamente o Windows 7 e o Ubuntu, enquanto podem hibernar ou colocar meu computador em suspensão? Eu também preferiria não prejudicar muito o desempenho do meu PC.