Eu recomendaria que você selecionasse manualmente (considerando que você as cria primeiro) partições separadas para o Ubuntu.
Minha configuração atual:
- C (win8.1)
- D (NTFS compartilhado com as duas janelas e o Ubuntu)
- uma partição estendida contendo um ext4 (ponto de montagem /) e uma troca
confira este link , um passo a passo muito descritivo