Você também deve instalar as dependências necessárias, neste caso as bibliotecas de versões do GTK + 2.x, construídas com o mingw32 para compilação cruzada também. Você não pode vincular às bibliotecas instaladas no Ubuntu para criar um programa GTK + para Windows. Você também precisa de versões das bibliotecas criadas para o Windows.
Estes, no entanto, não são empacotados como parte do Ubuntu.
Eu não tenho todos os detalhes exatos sobre como construir as bibliotecas para o Windows, no Ubuntu, para que você possa fazer uma compilação cruzada para o Windows no Ubuntu. Sua melhor opção é instalar VirtualBox
e usar uma VM do Windows para criar e testar aplicativos no Windows.