Ambos os 32 e 64 bits do Ubuntu reconhecem toda a RAM. Algumas delas podem ser reservadas, e mais RAM pode ser reservada em um sistema operacional de 64 bits, também, a forma como a RAM "disponível" é relatada pode ser diferente do Windows. Não é exatamente um problema, a menos que você queira ser muito exigente com a aparência de 3.9 vs 3.8.
Geralmente, recomenda-se usar um bbit de 64 bits * se o PC tiver mais de 2 GB de RAM.