Se você quer rodar o PHP a partir do terminal, vá até a pasta onde o arquivo está localizado e execute:
php file.php
Se você quiser abrir um arquivo .php no navegador da Web a partir de um caminho diferente de /var/www/html , será necessário alterar os padrões da raiz do documento em /etc/apache2/sites-avaliable/ . Depois disso, reinicie o apache e tente.
Verifique também se o grupo e outros podem acessar arquivos dentro da pasta. 755 deve fazer isso.