Você cria "log.txt" em qualquer diretório atual , mas, em seguida, especifica o caminho completo quando quiser ler a partir dele.
Você deve usar sua variável em todo o script:
#!/bin/bash
email="[email protected]"
log="/home/projekt/skrypt/log.txt"
who > "$log"
top -n1 >> "$log"
mail -s "skrypt_logi" "$email" < "$log"
rm "$log"
Leia Implicações de segurança de esquecer de citar uma variável em shells bash / POSIX sobre a importância de citar suas variáveis .