É altamente improvável que os dois problemas estejam relacionados, já que a limpeza do Apt não afeta os pacotes instalados. Na verdade, isso afeta apenas o cache local de arquivos de pacotes baixados.
No entanto, você pode reverter a configuração do Apt se remover ou comentar a linha
DSELECT::Clean "always";
de /etc/apt/apt.conf.d/99AutomaticClean
. Você também pode remover o arquivo se não contiver nenhuma outra entrada útil.