A primeira coisa que eu faria, se eu tivesse acesso à web ao servidor de e-mail pop, seria verificar e verificar se ainda há e-mails nele.
Parece que você instalou o Thunderbird para excluir e-mails depois de fazer o download deles. Você pode verificar isso clicando em Ferramentas, Configurações de Conta, depois na conta de e-mail que você precisa e, em seguida, em Configurações do Servidor. Agora, examine a segunda seção e veja se há uma marca de seleção na caixa que diz Deixar mensagens no servidor. Caso contrário, eles provavelmente foram excluídos após o download.
Se você fez isso em um sistema Linux, provavelmente está sem sorte. Se você fez isso em um sistema Windows, você pode recuperá-los depois de uma restauração completa do sistema.
Boa sorte!