Isso geralmente é um problema ao instalar pacotes de fontes externas (ou seja, a partir de um arquivo * deb) quando um pacote do repositório do Ubuntu está disponível. Você pode obter mais informações executando o aptitude (mas você pode precisar instalá-lo primeiro, ele não vem com o Ubuntu padrão)
geralmente removendo o pacote não oficial (com apt-get remove phpmyadmin
e depois instalando o pacote oficial (com apt-get install phpmyadmin
) é a maneira de remover os pacotes.
também, apt-get install --fix-missing
tentará consertar todos os pacotes que estão faltando, o que também deve resolver seus pacotes perdidos que "não serão instalados"
Acho que isso é corrigido automaticamente se houver apenas um nível de pacotes contendo o pacote que você está tentando instalar. se houver mais níveis (ex: o php5-mysql requer outra coisa) eu realmente acho que você deveria usar o aptitude para ajudar a resolver os pacotes que faltam (porque enquanto você estiver lendo o que ele oferece, você deve ser capaz de escolher a resolução correta)