Parece que você tem dois discos físicos no seu computador.
Se você instalar um Windows através de um Linux, você passará o bootloader porque o Windows não reconhece nenhum outro sistema operacional. A única coisa que você pode fazer é configurar o HDD do Linux como padrão em seu BIOS / EFI e usar o grub para inicializar o Windows.
Ou você pode instalar o grub4dos no seu Windows e adicionar sua partição Linux ao menu. Portanto, não importa de qual HDD você inicializa. Ambos os bootloaders possuem ambas as entradas.