As GPUs AMD geralmente funcionam bem com os drivers de código aberto. Atualmente estou usando um AMD R9 Nano no 16.04 sem problemas. No entanto, não estou fazendo nenhum trabalho que exija o OpenCL 2.0, nem tenha nenhum aplicativo ou jogo que exija OpenGL > 4.1.
A AMD lançou um driver de propriedade beta para o Vulkan, se você precisar disso. Se você precisar de OpenCL 2.0 ou OpenGL > 4.1, e você usa atualmente qualquer um deles no seu cartão, você deve permanecer no 14.04 ou 15.10 por enquanto, com os drivers fglrx proprietários.