Para encontrar arquivos, você pode executar 'locate eclipse'. Tente também 'qual eclipse' para ter certeza de que está executando o que você pensa que é. Se você não estiver executando o programa como root, a exclusão de .eclipse de / root provavelmente não terá efeito. Eu presumo que você tenha olhado para o diretório home de seu usuário normal com 'ls -a'?