Verifique se você está instalando o UEFI ou a versão legada (no pendrive), pois o Windows 10 geralmente não gosta de ser instalado junto com qualquer outra coisa.
Se você estiver no UEFI (no Windows e na versão Pendrive), a instalação detectará os dois sistemas de arquivos. Opcionalmente, você pode desativar o UEFI nas configurações do Bios e selecionar Legacy, mas isso significaria desativar o legado (de volta ao modo UEFI) sempre que quiser usar o Windows.
Informação pendrive USB: link