Para corrigir esse problema, você precisa encontrar:
pasta .atom
(a reinstalação do atom não toca neste arquivo btw)
Existem duas maneiras de encontrá-lo no Ubuntu 14.04
1) linha de comando
$ cd .atom
2) nautilus arquivos explorer ui ( nautilus
) ir para o diretório home, é aquele que é aberto por padrão, vá Ver - > Mostrar arquivos ocultos e excluir a pasta .atom (ou renomear, copiar e colar) e reinstalar o Atom.
A resposta pode ser encontrada aqui: link