O Virtualbox não suporta a inicialização diretamente do USB. No entanto, ele suporta a inicialização diretamente dos arquivos .iso. Então, existem duas opções:
1) Você pode inicializar de um Plop Boot Manager .iso (ou algo parecido), então use o Plop para inicializar a partir do seu drive USB (veja Como inicializar a partir de uma unidade USB no VirtualBox? ); ou
2) Inicialize a partir de um arquivo .iso diferente dentro do virtualbox. Por exemplo, se você está tentando instalar o Ubuntu no Virtualbox com um pen drive do Ubuntu, você pode