Eu acho que, em vez de desinstalar o Eclipse, você deve corrigi-lo. É um dos IDE necessários que é necessário para qualquer programador Java. Você pode tentar uma versão mais nova do Eclipse, como MARs, se necessário, que vem com o instalador também. Voltando à pergunta original, parece que você descompactou / descompactou o Eclipse. Então, sua melhor aposta é pesquisar onde ele está instalado e simplesmente fazer
rm -rf <one level above the Eclipse installation dir>
para removê-lo completamente.