Os vírus no mundo Linux são, para todos os assuntos práticos, inexistentes. A menos que você tenha razões válidas para acreditar que a máquina Ubuntu que você vai usar foi adulterada para destruir dados em dispositivos inseridos em portas USB, você não precisa se preocupar com nada.
No entanto, da sua pergunta parece que (eu posso estar errado) você não tem nenhum backup dos arquivos de dados. Se este for o caso, você deve fazer isso o mais rápido possível: os arquivos podem ser danificados não apenas por vírus, mas também por falhas de disco ou erros humanos, como excluir o diretório errado.