Mensagem de erro após 'make'

Question

Novo no linux e tentando instalar o programa CRESKO STACKS - quando tento e faço stacks, recebo a mensagem de erro na parte inferior do texto abaixo.

Alguém pode explicar em termos laymens, o que é isso e como eu consigo contornar isso?

Muitos agradecimentos e desejos de natal

Jamie

faça tudo de mim make [1]: Inserindo o diretório /home/jamie/Desktop/stacks-1.22' g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -fopenmp -g -O2 -std=gnu++0x -MT src/ustacks-ustacks.o -MD -MP -MF src/.deps/ustacks-ustacks.Tpo -c -o src/ustacks-ustacks.o test -f 'src / ustacks.cc' || echo './' src/ustacks.cc mv -f src/.deps/ustacks-ustacks.Tpo src/.deps/ustacks-ustacks.Po g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -fopenmp -g -O2 -std=gnu++0x -MT src/ustacks-stacks.o -MD -MP -MF src/.deps/ustacks-stacks.Tpo -c -o src/ustacks-stacks.o test -f' src / stacks.cc '|| echo './' src/stacks.cc mv -f src/.deps/ustacks-stacks.Tpo src/.deps/ustacks-stacks.Po g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -fopenmp -g -O2 -std=gnu++0x -MT src/ustacks-mstack.o -MD -MP -MF src/.deps/ustacks-mstack.Tpo -c -o src/ustacks-mstack.o test -f' src / mstack.cc '|| echo './' src/mstack.cc mv -f src/.deps/ustacks-mstack.Tpo src/.deps/ustacks-mstack.Po g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -fopenmp -g -O2 -std=gnu++0x -MT src/ustacks-mst.o -MD -MP -MF src/.deps/ustacks-mst.Tpo -c -o src/ustacks-mst.o test -f' src / mst.cc '|| echo './' src/mst.cc mv -f src/.deps/ustacks-mst.Tpo src/.deps/ustacks-mst.Po g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -fopenmp -g -O2 -std=gnu++0x -MT src/ustacks-cmb.o -MD -MP -MF src/.deps/ustacks-cmb.Tpo -c -o src/ustacks-cmb.o test -f' src / cmb.cc '|| echo './' src/cmb.cc mv -f src/.deps/ustacks-cmb.Tpo src/.deps/ustacks-cmb.Po g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -fopenmp -g -O2 -std=gnu++0x -MT src/ustacks-DNASeq.o -MD -MP -MF src/.deps/ustacks-DNASeq.Tpo -c -o src/ustacks-DNASeq.o test -f' src / DNASeq.cc '|| echo './' src/DNASeq.cc mv -f src/.deps/ustacks-DNASeq.Tpo src/.deps/ustacks-DNASeq.Po g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -fopenmp -g -O2 -std=gnu++0x -MT src/ustacks-DNANSeq.o -MD -MP -MF src/.deps/ustacks-DNANSeq.Tpo -c -o src/ustacks-DNANSeq.o test -f' src / DNANSeq.cc '|| echo './' src/DNANSeq.cc mv -f src/.deps/ustacks-DNANSeq.Tpo src/.deps/ustacks-DNANSeq.Po g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -fopenmp -g -O2 -std=gnu++0x -MT src/ustacks-models.o -MD -MP -MF src/.deps/ustacks-models.Tpo -c -o src/ustacks-models.o test -f' src / models.cc '|| echo './' src/models.cc mv -f src/.deps/ustacks-models.Tpo src/.deps/ustacks-models.Po g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -fopenmp -g -O2 -std=gnu++0x -MT src/ustacks-utils.o -MD -MP -MF src/.deps/ustacks-utils.Tpo -c -o src/ustacks-utils.o test -f' src / utils.cc '|| echo './' src/utils.cc mv -f src/.deps/ustacks-utils.Tpo src/.deps/ustacks-utils.Po g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -fopenmp -g -O2 -std=gnu++0x -MT src/ustacks-kmers.o -MD -MP -MF src/.deps/ustacks-kmers.Tpo -c -o src/ustacks-kmers.o test -f' src / kmers.cc '|| echo './' src/kmers.cc mv -f src/.deps/ustacks-kmers.Tpo src/.deps/ustacks-kmers.Po g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -fopenmp -g -O2 -std=gnu++0x -MT src/ustacks-input.o -MD -MP -MF src/.deps/ustacks-input.Tpo -c -o src/ustacks-input.o test -f' src / input.cc '|| echo './' src/input.cc mv -f src/.deps/ustacks-input.Tpo src/.deps/ustacks-input.Po g++ -fopenmp -g -O2 -std=gnu++0x -fopenmp -o ustacks src/ustacks-ustacks.o src/ustacks-stacks.o src/ustacks-mstack.o src/ustacks-mst.o src/ustacks-cmb.o src/ustacks-DNASeq.o src/ustacks-DNANSeq.o src/ustacks-models.o src/ustacks-utils.o src/ustacks-kmers.o src/ustacks-input.o -lz -lgomp src/ustacks-ustacks.o: In function GzFasta': /home/jamie/Desktop/stacks-1.22/src/gzFasta.h:42: referência indefinida para gzbuffer' src/ustacks-ustacks.o: In function GzFastq ': /home/jamie/Desktop/stacks-1.22/src/gzFastq.h:51: referência indefinida para gzbuffer' src/ustacks-ustacks.o: In function write_results (std :: map, std :: allocator > > & amp ;, std :: map, std: : allocator > > & amp; std :: map, std :: allocator > > & amp;) ': /home/jamie/Desktop/stacks-1.22/src/ustacks.cc:1433: referência indefinida para gzbuffer' /home/jamie/Desktop/stacks-1.22/src/ustacks.cc:1441: undefined reference to gzbuffer ' /home/jamie/Desktop/stacks-1.22/src/ustacks.cc:1449: referência indefinida para gzbuffer' src/ustacks-ustacks.o:/home/jamie/Desktop/stacks-1.22/src/ustacks.cc:1667: more undefined references to gzbuffer 'seguir collect2: ld retornou 1 status de saída make [1]: * [ustacks] Erro 1 make [1]: Deixando o diretório '/home/jamie/Desktop/stacks-1.22' make: * [todos] Erro 2 jamie @ jamie-HP-255-G1-Notebook-PC: ~ / Desktop / pilhas-1.22 $

    

Answer 1

Eu sugiro que você tente stacks-1.23. link Ele compila para mim com sucesso com:

sudo apt-get install zlib1g-dev 
cd ~/path/to/stacks-1.23
./configure
make

Eu optei por não instalá-lo em meu próprio sistema, mas o próximo passo é:

sudo make install