O Wubi é executado como um programa do Windows. Eu não tive muita experiência com isso, mas sei que não precisa ou faz sua própria partição. Simplesmente instala no c: (ou onde).
Na minha experiência, a melhor maneira de instalar um dual boot é inicializar a partir do ubuntu USB, e então (se tudo estiver funcionando) instalar a partir daí. Isso lhe dará a opção de selecionar qual partição usar para a instalação do Ubunut.