Eu estava tendo um problema semelhante executando um comando dconf
do cron. No meu caso, adicionei dbus-launch
ao início do meu comando, além de adicionar uma variável DISPLAY=:0
ao arquivo crontab.
meu crontab tem esta aparência:
DISPLAY=:0
0 6 * * * dbus-launch /path/to/my/dconf-script