Basta abrir o seguinte caminho,
cd /usr/share/applications/
Encontre o arquivo netbeans.desktop
ls -al | grep netbeans
Edite o arquivo netbeans.desktop
vim netbeans <version>
Exec=/bin/sh "/usr/local/netbeans-8.0.2/bin/netbeans" %U
Basta adicionar % U ao final do Exec.
Agora vá para qualquer arquivo, clique com o botão direito em propriedades- > abra com, lá você vê netbeans. Agora defina como padrão.