De forma alguma ...
Eu tenho mais de 6 versões do ns2 no meu Linux e não há conflito entre elas.
Isso funcionará corretamente.
Você só precisa instalá-lo em outro diretório.
Por exemplo:
Se o seu atual ns2.35 está em
- $/home/ns2-allinone-2.35/
você só precisa criar outro diretório para o outro ns2, como:
- $/home/ns2-allinone-2.27/