facilmente você pode simplesmente usar o comando cp:
cp -rn /path-to-first-pepe-dire/* /apth-to-second-pepe-dir
PS: eu uso -r no caso de você ter diretórios dentro, se você não tiver, pode se livrar de
use -n
para não sobrescrever um arquivo existente
exemplo:
primeiro dir pepe
em sua casa
segundo dir pepe
na sua área de trabalho
então o comando seria
cp -rn ~/pepe/* ~/Desktop/pepe