Inicie a tela no modo desanexado e execute seu comando dentro dela:
screen -d -m -S bukkit bash -c 'cd $HOME/server && java -jar bukkit.jar'
Você pode querer criar um script dedicado bukkit.sh
:
#!/bin/bash -e
cd ~/server
java -jar bukkit.jar
Para que, se o script se tornar mais complexo, você não precise escrever uma linha longa para screen
e, assim, o comando screen
poderá permanecer o mesmo, simplesmente:
screen -d -m -S bukkit path/to/bukkit.sh