Nada acontece. Eles ainda estão lá. O Explorer pode exibi-los bem, mas você tem acesso a apenas um deles
Por exemplo, se duas pastas tiverem o mesmo nome que não diferencia maiúsculas de minúsculas, abrir uma delas mostrará o mesmo conteúdo
Mesmoparaarquivos,vocêsópoderáobterumdosarquivos
Nocasodeumarquivoeumdiretóriocomomesmonome,vocêpodeobteroerroabaixo