Eu usei as duas páginas de amostra fornecidas e as imprimi usando impressora cups-pdf resultando em dois arquivos pdf.
Depois, usei pdfsam para combinar arquivos PDF em um. Não vejo problema no resultado.
Edit: Acabei de ver que você tem muitos arquivos para processar, você pode usar o script selecionado para impressão no Nautilus descrito aqui