Eu tive o mesmo problema, ou claramente o Ubuntu ainda tem esse problema de que o diálogo de cópia está concluído e é fechado até que o processo de cópia não seja concluído. Se você ver pisca LED no seu flash USB, ele já está piscando, isso significa que ainda copiar não terminou, mas infelizmente copiar diálogo fechado antes. Eu acho que é um grande bug
no Ubuntu.
Minha solução é: aguarde o LED piscar até que ele desligue, o que significa que a cópia foi concluída.
Como alternativa, execute sync
no terminal e aguarde até que esteja concluído. Depois disso, use "Eject" ou "Unmount" e remova o Flash USB.