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Abra um terminal e navegue até a pasta em que você salvou o arquivo:
cd /home/$USER/<my_marathon_download_folder>
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Extraia o arquivo com este comando:
tar xf AlephOne-20140104.tar.bz
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Altere a pasta novamente:
cd AlephOne-20140104
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Agora você pode começar com
./configure
:./configure
Esse comando provavelmente falhará com um erro porque você provavelmente precisará instalar algumas bibliotecas. Mas como não conheço seu sistema, não posso dizer quais são as bibliotecas.
No meu caso eu preciso, por exemplo, da biblioteca de desenvolvimento para o SDL:
checking for SDL - version >= 1.2.0... no
Estes podem ser instalados com este comando:
sudo apt-get install libsdl1.2-dev