Existem várias ferramentas e métodos de particionamento para alcançar o que você deseja. Eu usei um bom número, mas o que me vem à mente é o Partition Wizard e aqui está um link discutindo exatamente o que você quer: -
link
AFAIK, é grátis.
Como sempre - Apenas em caso de acidente, crie um ponto de restauração do sistema, faça um backup e tenha um CD / usb de recuperação / boot acessível.
Por fim, pense em sua inicialização dupla, pois pode estar faltando um op / sys após a nova instalação. Faça um google de "LILO dual boot windows e ubuntu" para verificar suas opções.
Boa sorte!