Primeiro, faça um backup dos arquivos existentes em um disco diferente ou, pelo menos, em uma partição diferente. Concentre-se no que está em sua pasta pessoal.
Em seguida, crie um liveDVD ou liveUSB.
Inicialize a mídia criada e escolha a opção de instalação do Ubuntu. Se o instalador oferecer a opção "Atualizar o Ubuntu", escolha isso. Caso contrário, escolha a opção "alguma outra coisa". Quando o gparted abrir, escolha sua partição atual do Ubuntu como partição raiz e marque para formatação e continue com a instalação.
Copie os arquivos da sua pasta pessoal de volta e reinstale o software que você precisa.